Pelaksanaan pendidikan diatur dalam kurikulum yang dapat diselesaikan 3-4 semester. Beban studi yang diberikan 40 SKS yang meliputi mata kuliah wajib sebanyak 22 SKS, mata kuliah peminatan 10 SKS, pilihan bebas 8 SKS (Farmasi klinik peminatan 20 SKS, pilihan bebas tidak dianjurkan), tesis 8 SKS, seminar tesis 2 SKS. Lulusan program Studi Magister Ilmu farmasi FMIPA UI berhak menyandang gelar Magister Sain (M.Farm).